События игры Halo 3 не происходят сразу после событий игры Halo 2. Рассказ о том, что произошло между 2-ми и 3-ми можно найти в комиксе «Halo: Uprising».

События Halo 3 начинаются на Земле, где лояльные Ковенанты под предводительством Пророка Истины, разрушают большую часть поверхности планеты. Корабли Ковенантов висят над огромными раскопками неподалёку от руин Нью-Момбасы, где был обнаружен огромный артефакт.
Мастер Чиф, вместе с Джонсоном и ковенантом — Арбитром, продвигаются через джунгли к заставе Космического Командования Объединённых Наций. По пути, Мастер Чиф начинает получать загадочные сообщения от Искусственного Интеллекта — Кортаны. Вскоре после прибытия на заставу, Ковенанты начинают штурм базы. После короткой битвы, в ходе которой застава оказывается уничтожена, Мастер Чиф получает приказ от Капитана Миранды Кейз и лорда Худа очистить путь к африканскому городу Вой, а также уничтожить всю зенитную оборону ковенантов для предстоящей атаки на Пророка Истины и Артефакт. После уничтожения обороны, Пророк активизирует артефакт и создаёт огромный портал, через который уходят все корабли Ковенантов. Миранда Кейз, Мастер Чиф, Арбитр преследуют Пророка Истины, они прыгают через тот же портал....

Так начинаются события заключительной серии трилогии Halo. Вам предстоит в лице, биологически модифицированного суперсолдата Мастера Чифа, раскрыть тайну древнего артефакта, который хранит в себе ключ к спасению ...или уничтожить всего живого. И спасти человечество от несметных орд инопланетян в решающей битве.